Открытая рамка считывания

Открытая рамка считывания (ОРС) — нуклеотидная последовательность нуклеиновой кислоты (ДНК или РНК), потенциально способная кодировать белок. В гене ОРС расположены между первым (инициирующим) кодоном и последним (стоп) кодоном. Большинство ОРС расположены на 5' --> 3' цепи ДНК. Поскольку инициационный кодон и правила кодирования отличаются у разных организмов, при автоматическом определении ОРС применяются алгоритмы, которые учитывают эти различия и предсказывают ОРС во всех возможных рамках считывания.

Существование длинной ОРС - хороший индикатор присутсвия гена, который транслируется рибосомами, хотя у эукариот кодирующая последовательность прерывается некодирующей (интроны). Короткие, от нескольких кодонов, до нескольких десятков кодонов, ОРС могут находиться вне последовательности генов. Обычно такие короткие ОРС не кодируют функциональных белков.

Как только последовательность гена была определена с помощью секвенирования, важно определить ОРС. У организмов, наследственная информация которых содержится в двухцепочечной ДНК, её последовательность может считываться в шести рамках считывания. Самая длинная последовательность без стоп-кодонов обычно определяет ОРС. В случае прокариот последовательность ДНК кодирует белок колинеарно. В случает эукариот необходимо определить последовательность иРНК после сплайсинга.

Интернет-программы для определения ОРС

• NCBI ORF finder Шаблон:Ref-en
• ORF finderШаблон:Ref-en